W 1617 przybył tu zakon bernardynów sprowadzony przez Zofię, żonę kanclerza królewskiego koronnego , a w tym samym roku położono kamień węgielny pod kościół i klasztor, który poświęcił biskup płocki Henryk Firlej w obecności króla Zygmunta III Wazy i dworu. Budowa ta była wspierana przez królów Zygmunta III i Władysława IV, dzięki czemu w latach 1628-1638 ukończono budowę murowanego klasztoru i kościoła, pierwotnie pod wezwaniem św. Andrzeja. Przy południowej ścianie wzniesiono kaplicę z Domkiem Loretańskim, projektu najprawdopodobniej architekta królewskiego Konstantyna Tencalli, a w 1642 kaplica ta została poświęcona. I ta budowa została wsparta przez króla Władysława IV, ofiary składali też prywatni fundatorzy. Gdy w 1648 Praga otrzymuje prawa miejskie, w jej herbie umieszczony zostaje wizerunek Matki Bożej z Dzieciątkiem nad kaplicą Loretańską podtrzymywaną przez anioły. W kaplicy znalazła się Figura Matki Bożej Loretańskiej, odziana w szaty z drogich tkanin, o skroniach zdobionych przez złote korony Początkowo figura była oddzielona od wiernych kratą, a przed nią płonęło 14 lamp wykonanych z pozłacanego srebra. Było to miejsce szczególnego kultu i oprócz mieszkańców Pragi, przybywali tu też mieszkańcy Warszawy. Julian Bartoszewicz przytacza opis kaplicy za Adamem Jarzębskim („Gościniec albo krótkie opisanie Warszawy” wyd. 1643 – pisownia oryginalna) -Na białym marmurze wyryte są różne historyje. W sklepieniu otwarte okno, dla wyjścia dymu od lamp i oddechu natłoczonego ludu. Dwoje drzwi naprzeciw siebie, jedne z boku kaplicy, ołtarz cały od złota i srebra, klejnotami i drogiemi kamieniami przez różnych monarchów zbogacony. Sama Matka Boska smagławej płci, malowana przez ś-go Łukasza. Przed ołtarzem złota krata, z tyłu kominek, na którym garnuszek, miseczki gliniane i drewniane łyżeczki, też same któremi Najświętsza Panna jadać zwykle była. Na marmurze wypisano, zkąd otrzymano te sprzęty. Kaplica ta ma małe baszteczki. W lipcu 1656 w czasie potopu szwedzkiego po bitwie o Warszawę kościół, kaplica i zabudowania klasztorne zostały zniszczone i ograbione. Dopiero darowizny kasztelana krakowskiego Stefana Warszyckiego i wojewody sandomierskiego Michała Warszyckiego, pozwoliły na odbudowę. Następne zniszczenia dotknęły w czasie Insurekcji kościuszkowskiej, gdy po bohaterskiej obronie Pragi 4 listopada 1794 Rosjanie zdobyli Pragę dokonując rzezi ludności. Wokół kościoła znajdował się cmentarz ofiar tych wojen. W okresie Księstwa Warszawskiego klasztor znalazł się w planowanym przez Francuzów pasie praskich umocnień i w 1811 rozebrano kościół i klasztor, jednak kaplica Loretańska ocalała dzięki sprzeciwowi miejscowej ludności. Po upadku Księstwa Domek Loretański był jedyną praską świątynią, a miejsce poprzedniej figury zajęła gotycka rzeźba Maryi z Dzieciątkiem (przełom XV/XVI wieku) zwana Matką Bożą Kamionkowską. W XIX wieku przejmuje funkcje kościoła parafialnego aż do czasu wzniesienia kościoła św. Floriana. W 1853 kaplicę odbudowano i przebudowano wg projektu Alfonsa Kropiwnickiego. Kościół zyskał attykę przy wejściu z piętrowym portalem, krużganki i Domek Loretański przykryto wspólnym dachem, a z dawnych czterech wież narożnych pozostawiono dwie. Na początku XX w. znaleziono w czasie remontu pod schodami schowek z fragmentem pierwotnego wyposażenia. W 1931 r. W. Kamiński zbudował istniejące do dzisiaj 16głosowe organy. Po uszkodzeniach w czasie II wojny światowej w 1939 i 1944, odbudowany w 1945, a w 1960 przywrócono krużganki od strony północnej i wschodniej, rozebrane w 1811. W latach 1961-1977 proboszczem parafii Matki Boskiej Loretańskiej był ksiądz Stefan Niedzielak – kapelan Rodzin Katyńskich, twórca sanktuarium Poległych i Pomordowanych na Wschodzie na Cmentarzu Powązkowskim, zamordowany przez „nieznanych sprawców” w 1989.